Um auch offiziell, zum Beispiel im Reisepass, im gelebten Geschlecht
anerkannt zu werden, ist eine 
Änderung des Geschlechtseintrags im Geburtenbuch nötig. Diese
kann beim Standesamt des Geburtsortes beantragt werden.
Das Standesamt macht einen Randvermerk im Geburtenbuch und stellt eine neue Geburtsurkunde aus, in der die Änderung als solche nicht ersichtlich ist. Mit der Geburtsurkunde können andere Dokumente wie Meldezettel, Staatsbürgerschaftsnachweis oder Reisepass neu ausgestellt werden. Für eine Eheschließung, Adoption oder Einbürgerung muss allerdings ein Auszug aus dem Geburtenbuch vorgelegt werden. Daraus ist die Geschlechts- und Vornamensänderung ersichtlich, da die alten Einträge nicht gelöscht werden, sondern die neuen Einträge nur durch einen Randvermerk eingetragen sind.
Nach der
Aufhebung des Transsexuellen-Erlasses
durch den Verfassungsgerichtshof
gab es in der zweiten Jahreshälfte 2006 keine definitive Regel, unter welchen Kriterien der
Geschlechtseintrag geändert werden kann. Der Scheidungszwang und die Begutachtung durch die Wiener Gerichtsmedizin gehören jedenfalls der Vergangenheit an.
Am 12. 1. 2007 schrieb Innenminister Günther Platter den Standesämter in einer internen Weisung vor, Personenstandsänderungen zu genehmigen, wenn die AntragstellerIn
"ein psychotherapeutisches Gutachten und den Befund der geschlechtsanpassenden Operation" vorlegt (BMI Erlass VA 1300/0013-III/2/2007).
Im Februar 2009 wurden die vorzunehmenden chirurgischen Eingriffe konkretisiert (BMI Erlass VA 1300/0063-III/2/2009)
Unter Berufung auf das Schreibens von 2007 wurde Monique D. - einer Transfrau ohne genitalanpassenden Operationen - die Personenstandsänderung verwehrt.
Der Verfassungsgerichtshof hat ihr im Dezember 2009 insofern Recht gegeben als feststellte, dass die Behörde mit Verweis auf ihr äußeres Genital weitere substantiellere Prüfungen ihrer Geschlechtlichkeit unterlassen hat.
Inzwischen lag allerdings das bahnbrechende Urteil des Verwaltungsgerichtshofs im Fall Michaela P. vor, das zu einer wesentlichen Klärung der Rechtslage beitrug. Der Personenstand ist jedenfalls zu ändern, wenn er sich als unrichtig herausgestellt hat (§16 Personenstandsgesetz).
In seinem Spruch vom 27. 2. 2009 betont der VwGH, dass die Beurkundung des Geschlechtswechsels im wesentlichen von der Geschlechtsidentität abhängen muss: "Ist dieses Zugehörigkeitsempfinden aller Voraussicht nach weitgehend irreversibel und nach
außen in der Form einer deutlichen Annäherung an das äußere Erscheinungsbild des
anderen Geschlechts zum Ausdruck gekommen, ist der österreichischen
Rechtsordnung kein Hindernis zu entnehmen, das eine personenstandsrechtliche
Berücksichtigung des für die Allgemeinheit relevanten geschlechtsspezifischen
Auftretens hindern würde." Dabei stellte der VwGH erstmals explizit fest, "dass ein schwerwiegender operativer Eingriff, wie etwa die von der belangten Behörde geforderte Entfernung der primären Geschlechtsmerkmale, keine notwendige Voraussetzung für eine deutliche Annäherung an das äußere Erscheinungsbild des anderen Geschlechts ist" (Urteil, Seite 11).
Dass das "richtige Geschlecht" erwachsener Personen das Identitätsgeschlecht und das soziale Geschlecht ist, ist heutzutage evident. Das Geschlecht kann durch plastisch-chirurgische Eingriffe nicht ‚umoperiert' werden.
Die Korrektur des Geschlechtseintrags von operativen Eingriffen
abhängig zu machen ist jedenfalls im Licht von Artikel 3 der
Europäischen
Charta für Menschenrechte (Recht auf Unversehrtheit) nicht statthaft. Schließlich kann bei
Transsexuellen der Schutz ihrer personenbezogenen Gesundheitsdaten nur gewährleistet
werden, wenn ihr gelebtes Geschlecht auch amtlich anerkannt und registriert
wird.
Erst mit der Änderung des Geschlechtseintrages in der Geburtsurkunde kann man